财务处是学校财务管理的职能部门，是学校唯一的一级财务机构，在校长和总会计师的直接领导下，统一管理全校的各项财务工作。学校设立了经费监管办公室，为正处级建制，与财务处合署办公。

财务处设置了19个科室分别为综合科、财务管理科、预算管理科、国库资金管理科、薪酬与奖助学金科、结算科、收费管理科、重大项目资金管理科、科研经费管理科、财务网络信息化管理科、国有资产科、稽查科、监管科、北区综合办公室财务办公室财务科、东区综合办公室财务办公室财务科、西区综合办公室财务办公室财务科、白求恩医学部综合办公室财务办公室财务科、南湖综合办公室财务科。

学校实行“统一领导，分级管理”的财务管理体制。学校财务工作实行校长负责制，总会计师协助校长全面领导学校的财务工作。

学校实行“实时控制和集中管理”的会计核算模式。为了方便师生办理财务事项，财务处利用校园宽带网建立了会计信息管理实时控制系统，打破了校区界限可以在财务处核算科及5个校区财务办公室办理会计核算业务；为了贯彻财务公开的原则，强化民主监督，财务处开发了吉林大学网上财务查询系统，所有的财务数据都发布在校园网上，学校各单位和项目负责人可在校园网上实时了解个人、项目及本部门的财务收支情况。